Birinci ön eleme turunda oynanan rövanş maçlarının ardından ikinci ön eleme turuna yükselen ekipler ve eşleşmeler belli oldu. İkinci ön eleme turunda Türkiye'den Osmanlıspor da yer alırken, başkent ekibi, bu turda Moldova'dan Zimbru ile karşılaşacak.
Ayrıca Skenderbeu'nun UEFA'dan aldığı cezanın onaylanması nedeniyle Şampiyonlar Ligi'nde Arnavutluk'u Partizani ekibi temsil edecek. Bu nedenle Slovakya takımı Slovan Bratislava, Partizani ile maç yapmadan direkt ikinci ön eleme turuna yükseldi ve Letonya'nın Jelgava ekibiyle eşleşti.
İlk maçların 14 Temmuz Perşembe günü oynanacağı 2. ön eleme turu eşleşmeleri şu şekilde oluştu:
Shirak (Ermenistan) - Spartak Trnava (Slovakya)
Dinamo Minsk (Belarus) - Saint Patrick's Athletic (İrlanda)
Partizan (Sırbistan) - Zaglebie Lubin (Polonya)
Vojvodina (Sırbistan) - Connah's Quay Nomads (Galler)
Nomme Kalju (Estonya) - Maccabi Haifa (İsrail)
Hibernian (İskoçya) - Brondby (Danimarka)
Shakhtyor Soligorsk (Belarus) - Domzale (Slovenya)
Austria Wien (Avusturya) - Kukesi (Arnavutluk)
MTK Budapeşte (Macaristan) - Qabala (Azerbaycan)
Beroe (Bulgaristan) - HJK Helsinki (Finlandinya)
RoPS Rovaniemi (Finlandiya) - Lokomotiva Zagreb (Hırvatistan)
Neftçi Bakü (Azerbaycan) - Shkendija (Makedonya)
Grasshopper (İsviçre) - KR Reykjavik (İzlanda)
Midtjylland (Danimarka) - Vaduz (Liechstenstein)
Zimbru (Moldova) - Osmanlıspor (Türkiye)
PAS Giannina (Yunanistan) - Odds BK (Norveç)
Birkirkara (Malta) - Hearts (İskoçya)
Maribor (Slovenya) - Levski Sofya (Bulgaristan)
Piast Gliwice (Polonya) - Göteborg (İsveç)
Slovan Bratislava ( Slovakya) - Jelgava (Letonya)
Beitar Jerusalem (İsrail) - Omonia (Güney Kıbrıs Rum Kesimi)
Admira Wacker (Avusturya) - Kapaz (Azerbaycan)
Aberdeen (İskoçya) - Ventspils (Letonya)
Hacken (İsveç) - Cork City (İrlanda)
Kairat (Kazakistan) - Maccabi Tel-Aviv (İsrail)
Debreceni (Macaristan) - Torpedo (Belarus)
CSMS Iaşi (Romanya) - Hajduk Split (Hırvatistan)
Videoton (Macaristan) - Cukaricki (Sırbistan)
Cliftonville (Kuzey İrlanda) - AEK Larnaca (Güney Kıbrıs Rum Kesimi)
AIK (İsveç) - Europa (Cebelitarık)
Levadia Tallinn (Estonya) - Slavia Prag (Çek Cumhuriyeti)
Genk (Belçika) - Buducnost (Karadağ)
Sonderjyske (Danimarka) - Stromsgodset (Norveç)